Obrazy Czapskiego znajdują się w muzeach i zbiorach w Polsce (Kraków, Warszawa, Radom, Kurozwęki, Poznań, Stawisko, Toruń, Wrocław ), a także w kolekcjach prywatnych osób: Najważniejsi kolekcjonerzy to m.in: le marquis de Boisgelin (obecnie w zbiorach Michała Popiela de Boisgelin w Pałacu w Kurozwękach), Jacques Desbrière (Paryż), Jeanne Hersch (Genewa); Vladimir Dimitrijevic (Lozanna), Richard Aeschlimann (Chexbres pod Lozanną). Obrazy są także w posiadaniu m.in: Wojciecha Fibaka, Krzysztofa Musiała, Grażyny Kulczyk, Marka Szypulskiego, który otrzymał je bezpośrednio od artysty w zamian za prace introligatorskie (oprawa rysunków i notatek Józefa Czapskiego), Julii Juryś – tłumaczki, redaktorki, która pracowała w Maisons- Laffitte w latach 1980-1993, Henryka Woźniakowskiego (syn Jacka i Marii Woźniakowskich), Róży Thun (córki Jacka Woźniakowskiego), Weroniki Orkisz (córki siostrzenicy Józefa Czapskiego – Elżbiety Łubieńskiej 1/ voto Colin) Andrzeja Wajdy i Krystyny Zachwatowicz, Wojciecha Karpińskiego, Macieja Morawskiego (jego portret namalowany przez Józefa Czapskiego), spadkobiercach po Anieli Mieczysławskiej oraz u dzieci Felicji Lilpop – Krance. Obrazy, które dostała od Józefa Czapskiego jego kucharka p. Janina Gąskiewicz trafiły do nieznanej osoby na mocy podpisanej darowizny.
W Muzeum Narodowym w Poznaniu znajduję się martwa natura zatytułowaną „Książki i kałamarz na stole” – praca ma 38 cm na 55 cm i powstała w latach pięćdziesiątych.W zbiorach Muzeum Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie można zobaczyć obraz namalowany w 1975 roku pt. Cafe Montmatre (wielkość 100 x 65). W Muzeum im. Anny i Jarosława Iwaszkiewiczów w Stawisku jest eksponowany jedyny obraz w posiadaniu muzeum „Martwa natura”, namalowany w 1930 r.
W zbiorach Biblioteki Uniwersyteckiej im. Mikołaja Kopernika w Toruniu (W Zbiorach Archiwum Emigracji) znajduje się dwa obrazy olejne oraz rysunki.(Śledzie, 1957, olej na płótnie, 48 x 53, sygn. J. Czapski 57 oraz Refleksja, 1959, olej na płótnie, 52 x 74, sygn. J. Czapski 59) a także rysunki: Akt stojący, 1960, tusz, papier, 29 x 17, sygn. J. Czapski 60 ; Akt, [b.r.], tusz, papier, 21 x 24, sygn. J.Cz.; Siedząca, 1960, tusz, akwarela, papier, 30 x 22, sygn. J.Cz. 60 – dar Wacława Iwaniuka; W kawiarni, [b.r.], litografia barwna, 69 x 50 sygn. J. Czapski – dar Andrzeja Kłossowskiego).
Na zdjęciu: Obraz Spacer brzegiem morza,1973 z kolekcji Pana Michała Popiela. Można go oglądać w Pałacu w Kurozwękach, gdzie mieści się galeria Józefa Czapskiego (kolekcja obrazów Michała Popiela de Boisgelin. Kurozwęki, ul. Zamkowa 3, 28-200 Staszów
